日军为了防御旅顺要塞，特地从各个师团选调精锐，编成了旅顺要塞驻屯军，由陆军大将大山担任司令，大山是日本陆军元老，1885年的时候曾经担任过日本陆军大臣，也就是陆相，在甲午战争之时，他指挥日本第二军在金州、大连一带登陆，并围攻旅顺。
在攻克旅顺之后，大山纵容部下对旅顺展开洗劫，发生了震惊世界的旅顺大屠杀，旅顺大屠杀虽然发生，可是大山却认为，对旅顺进行屠杀不算什么，是完全正常和恰当的。
日本旅顺要塞驻屯军总共有三万人，要塞中囤积的粮食，足够三万人吃上五年，这么多粮食，日本只囤积了一小部分，大部分都是清军当年囤积的，清军在弃守旅顺要塞之后，把这些粮食全都留给了日本人，没有一个人想到烧毁这些粮食。
值得一提的是，日本人在旅顺要塞中囤积了大量黄豆，日本人之所以要囤积黄豆，也是有独到考虑的，要塞防御作战，常常要坚持很长时间，几个月、甚至是几年，在这种情况下，蔬菜会变得极其匮乏，因为蔬菜容易腐烂，难以长时间保存，而人体是不能缺少蔬菜的，缺少蔬菜，会让人体极度缺乏维生素，导致败血病的发生，严重的可以导致死亡。
这一点在世界战争史上有前车之鉴，林飞