宗母舅的长孙无忌等关陇贵族集团所容，武后遂设法除去她的敌人。高宗因武后慢慢有主导政局的趋势，一度有废后的打算，未料计划被武后得知，事情遂作罢，但是协助高宗拟诏的上官仪则遭灭门。这件事情过后，高宗再也无由压制武后，后来又因眼疾问题，使得主政权完全操纵于武后手中。唐高宗曾在皇后的建议下使用“天皇”称号，与“天后”武则天并称二圣。
李治本性仁慈、低调、俭朴，不喜兴土木，不信方士长生之术，不喜游猎，却也无大志，与四兄李泰争太子位时，也曾流泪哭泣。所以，唐高宗不是个事事称职的好皇帝，但却是个不折不扣的好人。高宗后期的治世，有赖武则天执掌朝政。
根据史书记载，李治长期有头痛与眼疾，到晚年，眼睛几乎全盲，曾请御医秦鸣鹤据考证来自东罗马帝国医治，秦鸣鹤主张对脑针灸，武则天坐在幕帘后面大怒，认为要刺杀皇帝，李治在情急下则认为不妨一试，短时间内果真有效，但最后仍无法根治。
唐高宗时，朝鲜半岛分成三国：高句丽、百济和新罗。六年，高句丽与百济联军攻新罗，新罗遣使乞援
于唐，高宗遂先后派兵出击高句丽和百济。至龙朔三年663年，唐大将刘仁轨大败援助百济的倭国军于白江