然而，古代玛雅人给我们的困惑还远不止于此。科学家们发现，当有光束照在这颗头骨上时，隐藏在基底的棱镜和眼窝里用手工琢磨的透镜片组合在一起，能产生一系列光学变化，它所发出的炫目光束，有一种催眠般的魔力，会让人出现幻觉、幻听等现象。曾经研究水晶头骨长达6年之久的水晶专家富兰克。多兰德先生说，他在与水晶头骨共处时，能听到一种”非常安静又引人注意，像是从高音大钟发出”的声音，还能从水晶头骨上看到”山峦、庙宇”等图像。更有人在抚摸过水晶头骨后，发现自己身上的疾病居然奇迹般地治愈了，种种神奇的现象实在让人无法理解。近代光学产生于17世纪，古代玛雅人不可能会运用。
所有集中在水晶头骨上的谜团都让人匪夷所思，于是一些崇尚神秘主义的人们干脆把它归之为是天外来客的杰作。而当他们即将离开之前，又把水晶头骨作为礼物送给了玛雅人，之后，玛雅人就把它一直保存在金字塔里直到被安娜所发现。对于这种说法，科学家们无从考证，但当科学不能对一些神秘现象做出合理解释时，这种推测反而更容易让人接受，或许它真是外星人的杰作呢。
真实来历遭质疑
米歇尔吉斯水晶头骨聚集了种种神秘现象和不解之