对于把巨石阵称为天文台的说法，有人提出疑问；建造者们为什么不用既轻便又很容易从当地得到的木材和泥土来建造这座天文台，而非要到很远的威尔土山区去运来这些大石块呢再说，上面提到的那些坑穴中的人类墓葬又和天文学家有什么关系呢正是这些疑问，使不少人坚持认为巨石阵实际上是一种神秘的宗教场所，它和天文台根本沾不上边。
在二十一世纪初，又有人提出一种观点，认为巨石阵既可能是用来祭祀的宗教活动场所，又是墓葬场所，同时也可能还是观测天象的天文场所。这就好像在中国已经发掘出的不少古墓那样，其中也都发现了古代的星图。
曾有一块巨石倒塌下来，现代学者们曾试图把它准确地放回原来的位置，但经努力，终难如愿。为此，有位学者指出：在地球上的位置若有几厘米的偏差，在外太空的计算上就可能达到若干光年。
奇怪的是，曾有学者用当前最先进的仪器设备，检测出巨石竟能发出超声波古人在刀耕火种的时代怎么会知道超声波呢难道是外星人遥远的史前时代光顾了英格兰究竟是天文台，还是宗教活动场所，或者是二者兼而有之，这还是个未解之谜。
建造阶段
20世纪50年代中期，考古人员研