争议点最多的为如下几处。
折叠克里特说
亚特兰蒂斯在克里特岛。因为英国考古学家埃文斯于二次世界大战前发现了位于克里特岛上的大规模遗迹，而且再加上北方的一个圆环状小岛“锡拉岛又名圣多里尼\桑多里尼”上发现了描绘已成为内海的火山口，以前曾经是一个小岛的证据，因此有人怀疑席拉岛正是亚特兰蒂斯传说的由来，因为据研究，约西元前15世纪也就是柏拉图年代的900年前，席拉岛上的圣多里尼火山发生了一次大爆发，爆发导致火山口上建立的文明城市被毁灭，也引发了海啸，这次火山喷发使得原本仰赖贸易的迈锡尼文明受到了重大打击，就此一蹶不振。
支持此说的人认为，柏拉图亦或是他表弟柯里提亚斯或最初听到这故事的希腊人索伦梭伦把数字弄错了，因此整个数字夸大了10倍以上，900年变成了9000年，40000平方里变成了400000平方里，所以才变成了这样的传说。
折叠南极说
支持此说的人以考古学家兼作家葛雷姆汉卡克以及兰斯弗列里亚斯为代表。
此说是认为亚特兰蒂斯应该是在南极半岛，并以“地壳滑动说”来解释亚特兰蒂斯的毁灭，认为亚特兰蒂斯不只是受到了火山等