使“贞观之治”出现危机，高宗刚登基的永徽四年653年，江浙一带就爆发了陈硕真领导的农民起义，阶级矛盾再次尖锐。
高宗未及正式登基即下令：“罢辽东之役及诸土木之功”，永徽二年九月下令所占百姓田宅还给百姓。高宗有知人之明，他身边诸多贤臣如：辛茂将、卢承庆、许圉师、杜正伦、薛元超、韦思谦、戴至、张文瓘、魏元忠等人大多是自己亲自提拔，其中韦思谦曾受褚遂良打击，杜正伦被李世民冷落。他在位前期，唐代的领土最大，有的史书称为“永徽之治”。
起初，他在还是太子的时候，就与身为太宗才人的武则天有染；太宗崩后，武则天出家，高宗又把她接回宫中为昭仪。李治的皇后本来不是武则天，是王氏，后因为与萧淑妃争宠，引入武氏，最后两人皆被武氏反食，斩去四肢，泡入酒内；武则天称之“骨醉”。于是武则天被册封为皇后。但是武后并不为高宗母舅的长孙无忌等关陇贵族集团所容，武后遂设法除去她的敌人。高宗因武后慢慢有主导政局的趋势，一度有废后的打算，未料计划被武后得知，事情遂作罢，但是协助高宗拟诏的上官仪则遭灭门。这件事情过后，高宗再也无由压制武后，后来又因眼疾问题，使得主政权完全操纵于武后手中。唐高宗曾在皇后的