连续不断的神秘失踪事件引发了人们的好奇，科学工作者们开始以不同的方法和不同的角度试图去揭开魔鬼海之谜。由于实地考察有一定的条件局限性和较大的风险性，因此五花八门的猜测便纷纷出台了:
流传最久的是海洋怪兽兴风作浪的传说，但在当代科技面前这一假设已渐渐退色。
磁偏角现象使航行中的船只迷航甚至失踪的假设也难以成立。磁偏角是由于地球上的南北磁极与地理上的南北极不重合而造成的自然现象，这种偏差在地球上的任何一个位置都存在，并不是日本龙三角所特有。早在500年前哥伦布提出磁偏角现象后它早已成为航海者的必备知识，故它不可能简单地成为拥有现代化设备的船只迷航和沉没的原因。
飓风说。据海洋专家观测，强大的飓风经常在日本龙三角的海域中酝酿，这片不幸的海域是飓风的制造工厂，其温暖的水流每年可以制造30起致命的风暴。这一点可在那些失事船只最后发出的只言片语中得到印证。于是有些专家认为是飓风使得那些过往船只的导航仪器在一瞬间全部失灵，最终导致船舶失事的。但是，当今大型的现代化船舶是按照能抵御最坏情况的标准制造的，按理说仅凭一场飓风并不能击沉它们。[3]
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