2064年发生了第九次冲击，距离第八次冲击只有三年的时间，而如今NOVA的第十次冲击却时只相隔了一年。
只有一年的间隔的话，对于人类来说真得是灾难性的，毕竟第十次NOVA冲击中丧生了大量的潘多拉战力，而对抗NOVA的人类组织修巴利耶总部决定开设潘多拉计划之外的另外一个计划——
【E潘多拉计划】。
本来潘多拉是要有着对圣痕适应民生的人类女性才能够担当的，而E潘多拉计划是为了让没有适应性的普通人类女性成为潘多拉而展开的计划。
2065年5月30日，美国科罗拉多大峡谷（theGrandyon）的修巴利耶总部正式宣布启动E潘多拉计划，负责这个计划的人不是青井源吾，而是曾经作为青井源吾潘多拉研究左右手的斯卡莉特*大原博士。
E潘多拉计划的进行，需要正式潘多拉的相关数据，所以世界上几乎所有杰尼提克斯分校内具有着实力的潘多拉都被征召。
潘多拉的征召是根据实力及潜力而展开的，所以除了凯茜之外，一年生中的三个问题少女也被征召了，同时，作为例外的是……
亚瑟的名字被特别提及，一般情况下制御者都是作为潘多拉的附带人员，而亚瑟