种种原因，使朱棣对唐赛儿分外仇恨，对起义军进行疯狂镇压。
因为寡不敌众，腹背受敌，起义军只坚持了三个月就失败了，但唐赛儿却下落不明。
为了消除心中忿恨，为了防止死灰复燃，为了能够杀一儆百，朱棣下令严察唐赛儿的行踪，但搜捕工作没有任何进展。民间搜不到，朱棣决定调整工作重心，把搜捕唐赛儿的重点放到了佛门。
朱棣之所以这么做，也有以下原因:一者，搜捕人员为了推卸搜查不利的责任，有可能以唐赛儿入佛门来搪塞朱棣。二者，佛门弟子远离世俗，官府一般不介入，唐赛儿兵败后极有可能混入佛门避难;三者，唐赛儿起义时，曾自称“佛母”，朱棣以此认为唐赛儿与佛门有着某种关联。史料中也有相关记载，朱棣因“唐赛儿久不获，虑削发为尼或处混女道士中，遂命法司，凡北京、山东境内尼及道站，逮之京诘之”。
于是，朱棣下令将北京、山东的比丘尼、女道士统统逮捕，押送朝廷审讯。同年七月，朱棣又命段明为山东左参政，继续搜索唐赛儿。段明为了完成这一任务，不仅把山东、北京的比丘尼逐一搜查，全部捕捉，甚至还逮拿了全国范围内的数万名出家妇女。
关于此事，明史也有简单记载:永乐十八年二