救世主“尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体“中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体“和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获……
锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个“母体“的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。
在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，“母体“又面临着一次翻天覆地的“重载“……
?秦天思考完剧情，就想到了其他的方面，比如机械大帝营造了一个非同一般的虚拟世界。这个真实的虚拟世界的理解很需要，秦天来费一番功夫。
?尼奥和史密斯都是机械大帝的两个系统，在这两个系统当中尼奥代表着那些正义，他们竭尽所能维持自我生存的意义。所以锡安基地建立了出来，尼奥也是人类的救世主。
而在虚拟世界的世界里，人