以“旗鱼”号主动声纳的性能也比不上096级。受到艇体内部空间的限制，“旗鱼”号仅能携带二十二条鱼蕾与导弹，比起096级的三十八条鱼蕾与导弹的备弹量，确实大为逊色。
对一艘水下排水量仅有三千八百五十吨的常规潜艇来说，“旗鱼”号的性能已经非常出众了，不但没有任何一艘常规潜艇能够与之匹敌，就连一些二流海军的攻击核潜艇也不见得比“旗鱼”号强多少。就潜艇战实战的规律特点而言，或许旗鱼号的实战性能还要更高些。
速度更快，更安静，更先察觉到对方的存在，侦测到对方的位置，更先进的火力配置，往往就是决定一场潜艇与潜艇之间的对抗，生死成败的关键因素。旗鱼号在更安静这一项数据上已经领先了整个行业。速度不逊色于核动力潜艇多少，续航能力远胜一般的常规潜艇，可以说旗鱼号也许不能完全代表潜艇工业的现在，但绝对可以引领这一行对抗的未来趋势。
除了有一颗强壮的“心脏”，以及一副足够大的“肺”之外，“旗鱼”号还拥有一个发达的“大脑”。
高度自动化的操作系统免去常规动力设备后节省的岗位，使“旗鱼”号的官兵编制缩小到了三十六人，平常只需要八个人就能控制整艘潜艇。高度整合的探测、