他们在阴暗的地下管网中前进，两艘船完成任务，返回锡安支援，而墨菲斯这艘船要留在外面，等待尼奥的回归。
他们并不知道，在远方一场浩大的战役正在最激烈的时刻。他们甚至不知道华国基地有多强。墨菲斯等人与华国仅有的接触只是矩阵中的见面，他以为那不过是一个有华国幸存者组成的小基地：他们甚至比锡安还可怜，因为他们都不相信救世主。一群连希望都没有的家伙。
华国从第一次救世主轮回开始，就没和锡安紧密联系过。他们在最初甚至以为这是机器人针对他们的行动，后来才明白是机器人清理自身系统。锡安人无法信任，你怎么知道，那里面的人不是被洗脑的“机器”人。