庄子的学说，并对佛家的经典著作十分精通，被人称为“圣童”。但他认为走仕途，做高官太过世故，不能随意，就多次辞谢了朝廷的封赐。隋文帝让他做国子博士，他也称病不做。唐太宗即位后，召他入京，见到他50多岁的人竟能容貌气色、身形步态皆如同少年一般，十分感叹，便道：“所以说，有道之人真是值得人尊敬呀！像羡门、广成子这样的神仙人物原来世上竟是有的，怎么会是虚言呢？”皇帝还想授予他爵位，但仍是被孙思邈拒绝了。高宗继位后，又邀他做谏议大夫，也未被允。孙思邈归隐的时候，高宗又赐他良驹，还有已故的鄱阳公主的宅邸居住，就连当时的名士宋令文、孟诜、卢照邻等文学大家都十分尊敬他，以待师长的礼数来侍奉他。
玄武门之变发生于唐高祖武德九年（626年）。唐太宗即位之后怎么也应该在627年后召见的孙思邈。按传说孙思邈出生于541年的话，此时的他应该已经80多岁高龄了。再者二十三年五月，太宗去世，李治即位，是为唐高宗，时年二十二岁。次年（650年）改元永徽。这时高宗怎么可能邀请一百多岁高龄的孙思邈做谏议大夫？所以说传说生于541年死于682年是不成立的。据推算应该是生于570年左右，死于740年左右。