膜大量内陷形成了原始的内质网膜系统，从而限制被吞细菌的活动。
原始的内质网膜系统进一步特化，将细胞的遗传物质包裹形成了细胞核。
始祖古核生物成了始祖真核生物。
有些被吞进的需氧细菌不仅未被消化分解，而且逐步在大的、始祖古核生物细胞内生存下来。
可能是需氧细菌觉得有家挺好，赖在始祖细胞中不走了。
做生物也挺简单的，怎么舒服怎么来，费那个劲干嘛？
而始祖细胞相也能接受，这当于养了一个宠物，虽然要包吃包住，但是可以从需氧菌哪里中获得糖酵解的能量和产物，这也不亏。
于是，两种生物形成了相互依存的共生体，这对双方都有益。
就这样，在长期演化过程中，被吞进的生物由寄生过渡到共生，最终形成了线粒体。
支持以上学说的证据主要是因为对比线粒体和真细菌，发现它们由很多地方类似。
大小类似。
以二分裂方式增殖。
具有相似的共价、闭合、环状DNA。
核糖体大小和结构相似，沉淀系数相同。
蛋白质合成可被抗生素抑制。
另外，内共生学说也