准备哪天抓住琴酒这个“仇人”的把柄，一举把人扳倒。
结果皇天不负有心人，爱尔兰还真的等到了“揪住琴酒把柄”的机会。
——有一名组织成员，携带组织的卧底名册出逃，途中他卷入一起连环杀人案，不幸毙命。
那一枚藏有重要名册的内存卡，也被凶手意外取走。
组织又双叒一次丢失了重要资料，自然不会干瞪眼看着。
于是，在警方寻找连环杀人案凶手的时候，组织也暗中加入队伍，把这个“赶在警方之前灭口凶手、销毁他手中情报”的任务，交给了爱尔兰。
爱尔兰冷静地观察了一番情况，然后绑架了目暮警部的顶头上司——松本清长。他自己则让贝尔摩德把他易容成松本的模样，胆大包天地混入了警方队伍当中。
原本，这个潜入过程非常顺利。
然而在胜利的曙光到来之前，爱尔兰不幸发现了“柯南”的秘密——他发现这个小孩或许和“工藤新一”有关。一通调查之后，甚至还找到了“柯南和工藤新一是同一个人”的证据。
想到工藤新一的“死因”，爱尔兰心中狂喜：
琴酒那个混蛋，还说什么“处理工作零失误”，现在失误不就来了么？——用了组织尚在