RV的超级电脑三贤人超级计算机系统，然后入侵掌控了全球的分系统，虽然这个世界的克隆技术和武器技术都非常高端，但是电脑技术和舰载光脑相比那就差远了。
所以借助舰载光脑，他能秘密掌控全球所有的信息通讯。
同时在这几天时间，他还找到了SEELE潜入NERV负责监视的所有暗子。
这些暗子，李牧全部都秘密抓捕使用遗忘咒和摄神取念洗脑。
精神污染和夺魂咒，会因为这个世界人类灵魂的外壳和灵魂物质的作用逐渐失效。
但是直接针对记忆而不针对精神意识，那么进行的修改就不会逐渐失效。
通过洗脑，这些SEELE的暗子全部都已经更改效忠目标。
从此以后他们传回去的所有消息，都是李牧想让SEELE知道的消息，他不想让SEELE知道的事情，除非SEELE派人来NERV进行实地调查，才有可能知道NERV已经完全脱离SEELE的掌控。
成功摆脱了SEELE，李牧第一时间将源自先驱一族的生化技术拿了出来。
然后调集整个基地的力量，对现有的零号机和初号机进行改造。
具体过程为强化零号机，然后彻底改造初号机