李牧已经驾驶自由高达在全球四处出没。
前面还在配合各国政府清洗SEELE的分基地，转眼就出现在医院等地方，通过天使圣经的主动技能生命改造，让那些身缠疾病的患者体验一下灵魂离体死亡感觉，然后再给他们重塑身体让他们健康复活。
看到垂死的病人恢复健康，看到快老死的病人恢复青春。
越来越多的现实说法，让全球人类都意识到，李牧的人类补完计划真的能带着全球人类的灵魂逃亡，真的有能力给灵魂重塑身体，不知不觉全球甚至出现了将他当做神灵膜拜的自由神教。
面对全球围剿，SEELE伤亡惨重节节败退。
SEELE虽然掌握有几个EVA，但是出来一个李牧驾驶自由高达击杀一个。
没有了EVA，SEELE就跟没牙的老虎一样，逃不走的全死了，能逃走的全部汇聚到位于南极的SEELE总部，SEELE的高层也准备在这里和自由高达展开最终绝战。
SEELE总部，多年来组织高层还是第一次在现实中聚齐，他们以前也害怕，害怕现实聚集被各国高层丢个核弹。
此时所有人都保持沉默，全力思考怎么解决问题？
他们的EVA被全方面吊打，组