x的尼奥终于开始感受到了思想的解放。
在“先知”家里，他看到一个孩子用意念折弯了汤勺，因为在这里汤勺并不以实体的方式存在，而只是一个理念。
尼奥也可以做到这一点，但是此时的他还没有获得完全的觉醒。
直到，墨菲斯为了救尼奥而被抓，尼奥终于理解墨菲斯的信念，执意营救墨菲斯，踏上觉醒之路。
此时的墨菲斯被Matrix的特工程序史密斯拷问。
在史密斯与墨菲斯的对话中，埋下了剧情的一个大伏笔，原来Matrix世界已经经历了很多个版本。
在营救墨菲斯的过程中，尼奥被史密斯杀死。
但是崔妮蒂一个充满爱的吻，让尼奥醒来。
醒来的尼奥，换了一种方式看世界，彻底从Matrix的束缚中解放出来，他的眼中已经不是一个个具体的“对象”了，而是万物背后的规律符号，他具备了重整Matrix信息流的能力，例如空手接子弹、空中扮超人……很快就把程序史密斯打成碎片。
这就是“黑客帝国”第一部的剧情。
杜采歌的新版，会保留这个大体框架，但是细节部分会全部改写。
比如，原版“黑客帝国”的故事是在