《监狱建造师》游戏的剧情模式共有五章，每一章讲述了各自独立却又相互串联的故事。
这些故事主要通过宝丽来和人物对话来进行讲述，并作为游戏教程指引玩家逐步了解《监狱建筑师》的游戏方式。
玩家可通过主菜单进行剧情模式与过场动画的查看，亦可直接跳过剧情模式建立新监狱。
第一章【死刑犯】，我们已签订在这座监狱中建立处刑室的合同，必须要赶在其中一名死刑犯的处决时间之前建成。
第二章【巴勒莫】，一场大火毁掉了这所监狱的厨房和餐厅。如果我们不能很快找到办法给囚犯们提供食物，我们将不得不面对最为严重的暴动，解决食物危机，然后重建厨房和餐厅。
第三章【G.A.B.O.S】，Alchemico州立监狱正在发生暴动。前往事发地，并使监狱的防护重新恢复稳固。
第四章【定罪】，已经针对一名囚犯进行自杀监视。他就是亨利·摩根，本尼迪克特的犯罪同伙。可能被判处13月至5年的刑期，帮助我们关押好这些人。
第五章【自力更生】，这所具有历史意义的监狱将要被拆除重建，使用你所学到的所有技能打造终极设施。最新网址：rg