当山也是道教名山，可在很长一段时期内，此山并不出名。
早在周康王时，文始真人尹喜隐居武当，而有隐仙一脉。然后一直到了宋朝，茅山孙元政入武当，修复五龙观，立五龙派，这才有了第二家门派。
到元朝时，武当山开始兴盛。
有全真道士鲁洞云、汪真常，清微法师张道贵、刘道明、叶云来等，先后于武当修道。其中又有一人，为当时道教翘楚，此人出身天师府，叫张留孙。
元朝建朝之初，全真道受到重视，势力日盛。后与佛教发生冲突，在朝廷主持下，两教举行了三次辩论。朝廷偏袒佛教，道教受挫，之后忽必烈下令禁道书，更是造成了沉重打击。
跟着，当代天师带着徒弟张留孙前往大都进谏，此事才得以缓和。
忽必烈授张留孙“江南诸路道教都提点”之职，此人共经历成宗、武宗、仁宗、英宗四朝，备受宠遇，道门重兴。
而张留孙自立玄教，被封为大宗师，弟子成千上万，遍布大江南北，当然也包括武当山。
后来元朝覆灭，张留孙羽化升天，玄教解体。此时的武当山，以鲁洞云弟子张守清为尊
明朝洪武、永乐二帝，皆尊崇武当真武，赐建九宫八观、三十六岩庙、七十