像是翼龙的机械生物，叫做普罗透斯利德雷的宇宙海盗突然出现，将密特罗德幼崽从萨姆斯身边夺走，并且想要击杀萨姆斯。
这突然的巨变让最初体验的玩家十分震惊，但是又十分的惊喜。
这种起起伏伏的故事情节让他们欲罢不能，于是再一次投入到与利德雷的战斗。
当然利德雷一开始还是很厉害的，最后是依靠着密特罗德幼崽独有的吸收能量的能力，将利德雷体内的大部分能量吸走，然后再反哺给萨姆斯，让双方的力量差距逐渐拉平，再到萨姆斯可以碾压利德雷，最终成功消灭利德雷本身。
萨姆斯也终于结束任务，带着仅存的密特罗德幼崽离开sr388行星，准备回到银河联邦复命。
不过最后的最后，又出现了一个动画，在动画中一种名为x病毒的东西感染了sr388行星上的生物，让sr388行星又一次陷入混乱之中，不过这之后会发生什么事情，显然就要等待下一部的游戏来揭晓了。
同时萨姆斯回到银河联邦后，那个带回去的密特罗德幼崽又会怎么处理也同样算是一个悬念，让无数已经沉迷进密特罗德世界的玩家们很迫切的想要了解。
然而在gb版本的密特罗德：萨姆斯归来发售后已经过去了一