朱翊钧出生的时候，穆宗朱载垕那时候仍是裕王，且已经连丧了两子。他对这第三子是万分喜爱, 却不敢报到当皇帝的嘉靖帝那里。因为朱翊钧的出生碍了信奉道教、追求长生成仙的嘉靖皇帝的眼，以至到神宗五岁的时候，穆宗继位后他才得以有名字。
但他的同母弟弟朱翊镠出生，却赶上了好时候。其生母李氏母凭子贵，在朱翊钧被册封为太子后，也由宫女子晋位为贵妃，母子三人成为穆宗内廷的第一份。虽然穆宗喜好酒色，但是对自己唯二的两个儿子，对长子寄予了很高的期望，对次子就不免娇纵。
这样娇纵着的朱翊镠在宫里是飞扬跋扈地长大。太/祖定制的一切宗亲律法，到了他这里从来都是废纸一张。万历帝十岁登基，登基后生母李太后在内掌握宫廷，张居正在外处理朝事。俩人对朱翊钧全是严加教导，唯独对朱翊镠，张居正作为外臣管不到内廷的皇子，李太后溺爱幼子，也不准朱翊钧苛刻约束。久而久之以后，万历帝也对他不加节制，任其妄为了。
等其大婚的时候，花费就是太/祖定律的百倍。就藩的时候，更是花费了百万余两为其兴建王府。还曾赐田地万顷。
朱翊镠是在万历四十二年因其生母去世，悲痛不已，不久就病逝。遗下两个