南北两京户部尚书。都察院左副都御史、右都御史、兵部右侍郎、左侍郎、太子太保、太子太傅。
李起元在管理户部后，遵旨会议事该署部事左侍郎陈所学等扵五二月二十日，题为恭陈饷额出入亏欠之数及臣部转输接济之艰，仰祈圣明珍念严勅省直抚按督征，并差部官分道守催。 召开九卿十三科道会议，对天启朝财政混乱，税贼拖欠严重与税收不情理，作出了十三项改革措施。
现存李起元所撰《计部奏疏》十卷:(16开精装全三册)全国图书馆文献缩微复制中心出版。图书详描述:
《计部奏疏》十卷，明李起元撰。李起元曾官三边总督。天启时的明朝已内外jiāo困，北有满兵，南部云贵川也不安宁，财力枯竭，他向皇上表示，宁愿留在南京任留都的户部尚书，请另物色更合适的人选。皇帝不准辞，他于五年二月到任。所上第一篇疏即《辽饷中断，万分可虞疏》。李启元在户部尚书在这个管理全国钱粮军饷的要害职位上很为难，书中各篇奏议大多是为钱粮短缺而楸心、叫苦的。此书祥细记录了明末天启五、六两年间的全国经济生活状况，是研究这一时期政治、经济、赋税、盐课、军事、评判史，以及王朝如何走向衰败、灭亡历史的重大数据库。