, 担负起户部尚书的责任，积极领导户部的所有官员，配合天子将陕西行都司恢复秦汉森林遍地行动。
他认同天子所言的黄河泥沙就是因为陕西垦殖过度。为此，他还上本建议陕西停止养殖山羊。
山羊与绵阳不同，山羊吃草的时候，会把草根都翻出来咀嚼的。往往是养山羊多的地方，即便有很多杂草丛生的山岗，在几年之后也会变成光秃秃的、寸草不生之地。春风刮起来的时候，所有人都是满脸满头的尘土，这般的狼狈模样，在陕西做总督的那几年，他见的太多了。
若陕西行都司能少了垦殖的百姓，朝廷也不用在中下游每年几十万地投到治理黄河中。
“祸根就是盐商。”
李起元一针见血指出陕西水土流失的关键。
“原本在陕西没有那么多的百姓，都是盐商从各地招募过去的。当初朝廷所施行的开中法，盐商送粮到陕西三边换去盐引，结果盐商引来大批的百姓到三边垦种。
春天垦荒破坏了水土，冬天又要烧木柴取暖。盐商倒是省了运粮的银子，害得陕甘宁水土流失，朝廷应追究盐商的责任。”
这几年陕西不停地往外移民、减少当地种田的百姓。李起元在陕甘宁的总督任期里，并不认同朝廷的说