大败金兵后，但后金军退兵后，袁崇焕却被治罪。当初后金军进入的关口是属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知后金军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也很怀疑。此时后金军也设计离间，说袁崇焕与后金军有秘密约定。十二月，朱由检将袁崇焕下狱。
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。
传说朱由检当时讲袁崇焕的尸身挂于城墙，百姓听闻后，四方争抢而食之。
清远道人哀叹不已，将袁崇焕剩下身躯带回，将那玉玺待在身上，抱着袁崇焕的头颅跳下万丈悬崖。
而那玉玺当他被人找到的时候，已经完全残破不堪，当时正值满清顺治时期，太平，这一神器被当时爱心觉罗福临锁的，拿给当时的宠妃董鄂妃一览，董鄂本不是何等聪慧之人，当即便明白此物不俗，但已如此残破，当即便命人将此物分解为五枚指环，并且命匠人雕琢神兽，并做法事念诵经文以慰