自琴酒与朗姆被捕的三个月后。
东京都，羽田国际机场。
伴随着一架跨越大洋而来的波音747在跑道上缓缓着陆，曾经的基尔小姐、水无怜奈，如今的本堂瑛海，终于再度踏上了这片他们父女二人曾经战斗过的土地。
在过去的三个月里，她作为圆满完成任务的英雄搜查官载誉归国，受到了CIA上级领导的丰厚嘉奖。
本堂瑛海也成功与她失散已久的弟弟团聚，并用CIA奖励的巨额奖金带弟弟去了米国，在米国给弟弟安排好了住房和学校，为过去饱经苦难的本堂一家掀开了生活的崭新篇章。
而她自己也获得了一份在CIA兰利总部坐办公室的好工作，不仅地位崇高、收入可观，还不用再像以前一样在战斗一线拼死拼活。
一切都很美好。
但CIA毕竟不是什么寻常单位。
想过怎样的生活，很多时候并不是员工说了算的。
于是在享受了一阵这种半退休的悠闲生活之后，本堂小姐便猝不及防地接到了CIA交给她执行的一项新任务：
“回到曰本，进入‘诺亚组织’工作。”
所谓诺亚组织，其实跟过去的黑衣组织一样，根本没有自己的正式名称