藤新一跟到地方，躲在墙角，专注偷拍正在交易的伏特加。
正拍的高兴，却惨遭琴酒绕背偷袭。
琴酒一棍敲在工藤新一后脑勺上，把人撂倒。
他捡走了工藤新一的相机，然后低头看着尚未死透的名侦探，给工藤新一灌下了一种尚在开发中的毒药——APTX4869。
这是雪莉正在研发的药物。
据说被它毒死的人，体内无法检测出毒素，看上去就像普通的猝死，可以成为完美犯罪。
琴酒灌完药，放心的走了。
然而被他给予厚望的APTX4869，却没能发挥他期待的功效。
这药，只是把工藤新一的身体变小了。
工藤新一醒后，震惊的发现自己成了一个小学生。
他逃回家，遇到了阿笠博士。
在博士的劝告下，工藤新一隐瞒身份，化名为江户川柯南，决定去毛利家借住。
因为毛利兰的父亲毛利小五郎，开了一家侦探事务所，在当侦探。
而按照阿笠博士的脑回路，工藤新一需要：
用他出色的推理才能，帮毛利小五郎成为名侦探↓
名侦探毛利小五郎参与高等案件↓
通过那些案