实体版跟连载版稍微有些出入，那是因为在出版的时候稍微调整了一下顺序，内容完全一样，就是章节先后顺序不一致。
三体最早面世是在科幻世界杂志上面连载，这个连载的版本就是网上流传最广的电子书版本，这个版本是以“红色联合对四二八兵团总部大楼的攻击”为开头，算是比较正统的第一章。
而实体版的第一章则是“汪淼觉得，来找他的这四个人是一个奇怪的组合”起篇，实际上这是连载版的第四章开头。
因为连载的前三章都是讲诉文革时期叶文洁成长的过程，似乎与科幻关系不大，不太吸引人。当初在科幻世界连载时候，因为读者都是纯正的铁杆科幻迷，不管怎么样的开头都能看下去，可实体版的其余读者就不一定了，很多人对动乱年代、与科幻关系不大的开头没有兴趣。
为了让的开头更具科幻性、引人入胜，出版社跟大刘协商之后便在章节次序上面坐了点调整，把连载版的第四到八章放在最前面，前三章放在它们之后。
当初林翰是从科幻世界的连载一直追的，结果出了实体版之后也果断支持三体，但这混乱的章节却广受诟病，这一次他不愿意给读者造成困扰，从一开始就统一章节名字。
他自己是比较