988年的汉城奥运会上，巴西国奥队拥有罗马里奥、贝贝托、塔法雷尔这样的名将天才，再度杀入奥运会决赛，但是他们和苏联队苦战了一百二十分钟，以1：2败下阵来，再次痛失金牌。
1992年之后，奥运足球发生了一个重大的变化，那就是奥运会足球不再是国际a级赛事了，变成了二十三岁以下球员的比赛。参加奥运会的球员要求必须是二十三岁以下的球员，这就把绝大多数成熟的高水平的职业球员都挡在了奥运会的大门外。这是国际足联和国际奥委会之间的利益之争的结果。
1996年亚特兰大奥运会上，允许每支球队有三名超龄球员。这个规定一直延续至今。虽然有诸多限制，但巴西足球却已经进入了他们的黄金时代，他们所能派出的二十三岁以下国家队实力依然强大。那一届奥运会的巴西队拥有罗纳尔多、里瓦尔多、贝贝托等人。在两年前巴西国家队刚刚拿到了美国世界杯的冠军，所有人都认为这支巴西国奥队是奥运会上的夺金大热门。但他们却在小组赛中0：1输给了日本，曝出了那届奥运会上的一大冷门。最终巴西队虽然打进了四强，却在半决赛中输给了最终的冠军尼日利亚，只拿到了一枚铜牌。
2000年悉尼奥运会，名帅卢森博格率领的巴西国