在伊拉克和叙利亚正式公投合并成为伊叙联邦之后，联邦最高领袖的选举也直接开始。
选举出来的最高领袖，有点类似伊朗的最高领袖哈梅内伊，但实际上依然有很多的不同。
实际上，更像是美国现在的政府权利架构，组成之后的最高领袖统筹对外外交，掌控国家经济和军事，而对于地方的发展，全都由两国原来的政府机构来完成。
最高领袖设有最高权利机构，该机构主要有四个部分组成，一部分是经济管理机构，一个是监督机构，一个是军事机构，一个就是外交机构了。
四大机构凌驾于两个联邦公国政府主权之上，但没有权利干涉联邦公国主权下的民生发展和社会发现。
公国之间的除了军事和税收统一之外，各地方可以制定单独的法律，尊重地区的民族习俗，尊重民族习俗的延续和发展，这一点政府不得干预。
同时取消两国的原本的边界和关税，不再驻扎边境部队。
每年财政收入上缴到最高权利机构，然后根据每年的发展计划，拨发款项。
公国政府权利机构，一切政务和政府工作，全都对外公开，接受社会各界的监督。
从市长以上的行政主官，将由国民来进行选举，