奥斯曼土耳其帝国入侵拜占庭，东方教会向教廷求援，当时的教皇尤金四世就乘机召开了佛罗伦萨会议，希望由此令东方教会屈服，确立教皇在基督教内的首脑地位。君士坦丁堡普世牧首约瑟二世就曾率领教会代表七百人参加了整个会议，并做出让步，1439年六月签订了协议，协议上注定，东西教会合一，并确认教皇为“基督在世代表”具有全权地位。
可惜的是，东方教会的反对派强烈反对，迫使牧首及代表声明签字无效，这份协议也就成了废纸一张。
1453年的时候，拜占庭帝国灭亡，苏丹对东方教会采取了相当宽容的态度，承认君士坦丁堡的普世牧首为东正教徒总管，但正因为如此，一些国家、地区与民族先后成立了自主教会，君士坦丁堡牧首区只被视作荣誉首席。
所以说，虽然希腊正教会现今仍处于牧首区的管辖范围内，但这种上下关系也几乎名存实亡了——不管怎么说，因为奥斯曼土耳其帝国严厉的军事管制与沉重的苛捐杂税，希腊民众的反抗之心从未平息过，他们要么是基督徒，要么是秘密基督徒，我是说，他们即便表面上信仰奥斯曼土耳其人的真神，暗地里仍然坚守着自己的信仰，对于几乎任凭苏丹摆布的所谓东正教徒总管，这些人又怎么会甘心俯首