侏罗纪是裸子植物的极盛期。
无脊椎动物以菊石、双壳类、箭石、腹足类、叶肢介、介形虫、六射珊瑚、棘皮动物的海胆为主。
软骨硬鳞鱼类在侏罗纪已开始衰退，被全骨鱼代替。
三叠纪晚期出现的一部分最原始的哺乳动物，经过侏罗纪早期的多样性发展，发展出许多新的门类。其中以多瘤齿兽类为主要的植食性哺乳动物；侏罗纪中期出现的古兽类是有袋类和有胎盘哺乳动物的祖先。
但是在肉食性恐龙的威胁下，大多数哺乳动物在侏罗纪晚期已濒于绝灭，所有的大型动物都被肉食性恐龙淘汰了。当时君临陆地的大小恐龙占据了绝大部分的生态位。
侏罗纪晚期出现了最早的有胎盘哺乳动物，这些动物属于食虫目。食虫动物体型多如小鼠或小型大鼠，主要以昆虫、其他节肢动物和蚯蚓维生。食肉目、翼手目、啮齿目都是由早期的食虫目分化出来的。食虫目包括猬、金鼹、鼹鼠、鼩鼱、刺毛鼩猬、毛猬、古巴鼩和马达加斯加猬，现代的刺猬是它们的后裔。
习惯夜间生活的哺乳动物，避开了白日恐龙的袭击，适应夜间生活的温血体质，能够躲在地下洞穴中的老鼠般大小的身体，且食量很小，可以很快填饱肚子。这些特点使得