、桂小太郎曾因得罪了西乡特盛，而到人妖俱乐部工作，艺名为“假发子“，此后也因为被病毒感染而变装成女人。
因为桂小太郎是恐怖分子，经常被幕府追杀。
桂小太郎被冲田总悟炸伤脚的时候，被拉面馆“北斗心轩”的女老板锦几松相救。
几松也因此在被冒充攘夷志士的小叔子绑架，并打算卖掉的时候被桂小太郎所搭救。
从此，桂小太郎成了拉面馆的常客。
高杉晋助聘用了铸剑师村田铁矢，秘密研发并批量生产了智能生物机械“红樱”，准备进攻江户，桂小太郎被携带了红樱的冈田似藏重创。
这导致桂小太郎一派攘夷志士和万事屋一伙与高杉部火拼。
桂小太郎一直假扮成伊丽莎白，潜伏在高杉的船上，在高杉把”伊丽莎白“砍成两半时桂小太郎跳出来砍了高杉一刀。
从此桂小太郎、银时与高杉决裂……
后来，送给桂小太郎桂的伊丽莎白离家出走了一年桂才发现，托万事屋去寻找却找回了自己这一年间的记忆。
伊丽莎白的前女友透露了莲蓬一族，要占领地球的阴谋。
陆奥和坂本来到地球，带桂小太郎与万事屋一伙去莲蓬母星交涉，其实莲蓬一族