时也很妇人之仁，在四年博弈中，他有很多次机会灭了朱棣，但他没有，他对部将说我要活叔父，不要死朱棣，也正是因为建文帝的妇人之仁，令朱棣数次死里逃生，最后这位软弱的皇帝才走到了尽头，丢掉了江山。
正史记载，燕军进南京，朱允炆见事不可为，遂在皇宫放火，所以南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后发现了几具烧焦了的尸体，据说它们是皇帝、马皇后于1395年结婚和他的长子朱文奎1396年生的尸体。朱棣入城，执其中一烧焦尸体的手痛苦，“傻小子，何苦如此”，随后六月廿日以天子礼葬之，昭告天下，建文帝已。
但更多的史书却说，建文帝之死，是一个千古的谜题。
成祖本纪说：“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中”。
太宗实录云：在燕兵攻陷京师后，建文帝“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶”
朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上亦曰：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃”明实录太宗实录。
补本记载：“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。”