上疏请改燕王封地于南昌；但黄子澄反对，认为燕王有功无过，为了争取舆论支持，应该先找有问题的亲王下手。惠帝支持黄子澄，遂先后废除五位亲王。洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是决定先废周王。时周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化今昆明以西、大理以南。建文元年1399年四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王不堪受辱，为保名节举家；齐王被软禁在南京；代王被软禁在封地大同。两个月后，削岷王，废为庶人，徙漳州。由于朝廷削藩激化矛盾，藩王与朝廷开始决裂，秦王和晋王先后病逝，此时实力最强的燕王就成了真正的众藩之首。而朱允炆与朱棣之间的博弈亦逐渐激化。
朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在皇明祖训中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”朱棣以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意。因此，历史上称这场朱明皇室内部的争夺战争为“靖难之役”。
建文帝是一个很优柔寡断的皇帝，同